作為農村稅費改革的配套改革和農村綜合改革的關鍵環節，新一輪鄉鎮機構改革堅持“兩手抓”：一手抓管理，確保鄉鎮機構編制和實有人員只減不增；一手抓試點，大膽探索，認真總結積累經驗。
中央編辦三司司長靳永龍說，各地的情況差異比較大，特別是鄉鎮，在改革過程當中，一刀切地去指導全部的鄉鎮改革顯然是不行的。“我們在指導鄉鎮機構改革過程當中，采取因地制宜、分類指導這樣一個做法。根據不同的地區，不同類型的鄉鎮制定不同的指導政策，現在看這個政策還是比較奏效。”
靳永龍表示，絕大部分地區沒有精簡人員、分流人員的任務：“和以往的改革不一樣，這次鄉鎮機構改革，精簡、分流、安置的任務不重，主要是優化人員結構，提高公務人員的素質，這樣也就是讓鄉鎮機構改革主要的精力放在轉變政府職能上。”
經過幾年的試點，各鄉鎮在改革中的情況和問題已經清楚，改革的政策也比較清晰，各地的經驗做法總結的也比較完善和到位，大規模地推進改革或者加快改革進度的條件已經成熟。
靳永龍說：“鄉鎮政府機構改革，必須要在黨委政府的主要領導關心支持和指導下進行，否則改革就難以深入，就容易走過場。我們近期還要不斷地派出工作小組到各地進行督促檢查，到今年年底，鄉鎮機構改革大部分完成的目標是能夠實現的。”
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